巴里足球俱乐部（Foot-Ball Club Bari）于1908年1月15日在巴里市成立，如大部分其他早期的意大利俱乐部，是由外国人一手建立，创建人包括德国人、瑞士人及巴里本地的商人。
　　虽然球队早已经成立，但这只南部球队在早期的意大利足球无足轻重。巴里没有参加早期的赛季，在大战期间还一度解散，战后才以原名重组。直到1924/25年赛季巴里才首次参加意大利足球锦标赛，但随即在该季结束时降级。
　　1927年巴里与同市的“自由足球俱乐部”（Foot-Ball Club Liberty）合并，重组后的球队继续沿用巴里为名。1928年巴里再与同市另一队名为“US伊德亚勒”（US Ideale）的球队合并，更名为“US巴里”（Unione Sportiva Bari），亦由原本穿着的红白球衣加上伊德亚勒的间条成为红白间条。
　　1928/29年赛季后意大利足球锦标赛改组，巴里被置于乙级联赛。其时巴里球员拉斐尔·康斯坦蒂诺（Raffaele Costantino）被征召入意大利国家队，巴里成为首支提供国家队成员兼进球者的意乙球队。
　　1930及1940年代是巴里黄金时期，大部分时间处于意甲，于1947年取得历史最佳的第7名。到了1950年代巴里成绩急降，其后反弹，于1958年至1961年的三季重返意甲。巴里于1963/64及1969/70赛季亦曾短暂升上意甲，但实力明显不足，后一次意甲期间更只取得11个进球的羞耻纪录。1974年巴里降级到意丙，当年38场只射入12球，比榜尾卡塔尼亚的21球还要少。
　　直到70年代末期巴里逐渐重上轨道，1982年仅差两分错失升级机会；但翌季却再次降级到意丙；一年后夺得意丙B组冠军重返意乙；随即获得意乙季军于1985年升级重上意甲。1989年巴里再次升级意甲，这亦是巴里最后一季在维多利亚球场（Stadio della Vittoria）进行比赛，翌年巴里搬迁到为1990年世界杯新建的圣尼古拉球场作为主场。同年巴里再次由阿斯顿维拉引入在世界杯大放异采的大卫·普拉特，遗憾的巴里在赛季结束时再一次降级。
　　1994年巴里以意乙亚军身份重返意甲，虽然普罗蒂于1996年以24球成为意甲最佳射手，但球队再一次降級意乙。翌季巴里获得意乙第四位取得升级资格，在尤格尼奥·法切蒂（Eugenio Fascetti）铁腕领导下在意甲维持了四年。
　　2001年巴里以垫底成绩降級意乙，自此一直在意乙中下游打拼。2007年尤文图斯名宿安东尼奥·孔蒂（Antonio Conte）接任巴里主教练，带领球队夺得2008/09年赛季意乙联赛冠军，升级返回意甲。但孔蒂却与巴里高层意见分岐而离队，球队随即聘请老帅文图拉（Giampiero Ventura）任教。